一、故事梗概
洪武十三年,黄河决口孟津县,引发瘟疫。神医黄药师前来救灾,稳住了局势。一天,官差前来要带走黄药师,称知府大人指控他与孟津县令何有才搜刮灾民。黄药师拒绝前往,并揭露知府的恶行。与此同时,黄药师的妻子徐妙云(化名余好)在后勤点算物资时,也遭遇官差诬陷,她打倒官差后前往城内衙署育婴堂救女儿,却被知府等人认出并欲捉拿。关键时刻,她被钦差护卫统领鲁达认出是开国功臣徐达长女。原来徐妙云三年前因逃婚离家出走,与黄药师结为夫妻。太子朱标前来治灾,了解到何有才被冤枉后欲查明真相,知府却想杀人灭口。黄神医带领灾民救下何知县,城中却发生灾民暴动。太子朱标本想撤离,但徐妙云出面安抚,原来她与丈夫一直在救灾,灾民认识他们。误会解除后,黄神医等人揭露了知府的罪行。太子考察黄神医的人品和才能,发现他医术高明、有理政之才且似有侠客风范。黄神医不愿为官,还透露自己是朝廷通缉的刺杀长沙知府的要犯。太子虽觉他大逆不道,但也认可他的部分观点。之后徐妙云得知太子身体有隐疾,希望黄药师全力相助。太子欲安排黄药师在京城开医馆,暗中为自己做谋士,徐妙云一家前往京城。途中经过凤阳府,发现当地百姓因淮西勋贵兼并土地而流离失所。黄药师遇到道衍和尚(姚广孝),二人下棋比试,若道衍赢,黄药师将解决凤阳之事,最终平局,黄药师答应若见到皇帝会提及此事。到达京城后,他们住进太子安排的医馆,黄药师决定将其命名为桃花医馆。徐妙云带着高产稻种进宫见马皇后,讲述了稻种的珍贵性,马皇后震惊不已。马皇后提出要朱元璋和她一起收徐妙云为义女,徐妙云请求暂时隐瞒回娘家之事,马皇后答应帮忙,朱元璋得知此事后想见见黄药师。